تقوم الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، ممثلة في مختبر فحص جودة مياه زمزم، بأخذ ما يزيد على 70 عینة عشوائية من ماء زمزم المبارك بشكل يومي وتحليلها ميكروبولوجيًا وكيميائيًا، من أجل التأكد من جودته وسلامته؛ لضمان سلامة حجاج بيت الله الحرام.

يجري ذلك عبر مختبر خاص يقع في سطح المسجد الحرام، مجھز بأعلى المعاییر العالمية المتبعة في تحليل مياه الشرب، كما تعمل كوادر مؤهلة على إجراء الاختبارات اللازمة، ورفع النتائج لإدارة سقيا زمزم بالمسجد الحرام أولًا بأول.ويعمل موظفو المختبر على سحب عينات يومية من جميع مصادر مياه زمزم بالمسجد الحرام مشربيات -نقاط تعبئة حارة وباردة -خزانات اساتنليس ستيل -حافظات -حافظات محمولة - خزانات تبريد ماء زمزم -عبوات -بئر زمزم للتأكد من سلامتها وخلوها من أي ميكروبات وتقديمها، لحجاج بيت الله الحرام وقاصديه، بأفضل جودة ووفق أعلى المعايير الصحية العالمية. 

يبدأ بعد ذلك تحليل العينات ميكروبولوجيًا بتعقيم كبينة السلامة المكان المخصص للتحليل بالأشعة فوق البنفسجية وتحضير البيئة المخصصة للكشف عن البكتيريا ومزجها بماء زمزم، وإدخالها في المكان المخصص للحضانة على درجة حرارة 37 درجة مئوية لمدة تتراوح بين 24 و48 ساعة، وملاحظة نمو البكتيريا، إن وجدت، إضافة إلى التحليل الكيميائي الذي يجري خلاله الكشف عن نسبة الأملاح في المياه والأس الهيدروجيني PH ونسبة الكلور والعناصر الكيميائية الأخرى، خلال 4 ساعات فقط.

ويمر ماء زمزم المبارك بمجموعة من الإجراءات الصحية والوقائية التي تتخذها الرئاسة، بدءًا من ضخ المياه من بئر زمزم في دائرة مغلقة عبر فلاتر تحجز الرمال والشوائب، ومواسير لا تصدأ «استانليس استيل» حتى وصولها إلى خزانات مغلقة تمامًا، ثم تمر على أجهزة التعقيم المبدئية، كما تجري نفس الآلية عند نقلها إلى المسجد الحرام، عبر فريق من المتخصصين يشرفون على هذه الأعمال؛ للتأكد من التنفيذ وفق أصول فنية متبَعة، تلبي تطلعات ولاة الأمر، حفظهم الله وعنايتهم بالحرمين الشريفين وقاصديهما.