جعلت العديد من الجماعات المسلحة وغير الحكومية من باكستان وطنهم. تكشف بوابة الإرهاب في جنوب آسيا (SATP) ، التابعة لمعهد إدارة الصراع (ICM) ، عن عدد محير من المنظمات الإرهابية الموجودة بشكل مريح في ذلك البلد. مصنفة تحت ثلاثة عناوين عريضة على أنها جماعات إرهابية / متطرفة محظورة ؛ الجماعات الإرهابية / المتمردة النشطة والجماعات الإرهابية / المتمردة غير النشطة ؛ ويبلغ عدد المنظمات في القائمة 162 منظمة. تنتشر هذه المنظمات في بلوشستان وخيبر باختونخوا وباكستان وكشمير المحتلة وجلجيت بالتستان والبنجاب والسند.
حدد تقرير للكونجرس الأمريكي بعنوان "الجماعات الإرهابية وغيرها من الجماعات المسلحة في باكستان" 12 منظمة "إرهابية أجنبية" صنفتها الولايات المتحدة ، مصنفة على أنها ذات توجه عالمي ، وموجهة نحو أفغانستان ، وموجهة نحو الهند وكشمير ، وموجهة محليًا ، وطائفية (معادية للشيعة). . وفقًا لدراسة أجرتها Global Watch Analysis ، تساعد المخابرات الباكستانية الداخلية (ISI) وتحرض الإرهاب من خلال المنظمات الإرهابية مثل Lashkar-e-Taiba (LeT) و Jish-e-Muhammad (JeM) و (HM). وفقًا للمؤلف Roland Jacquard ، هناك أكثر من 20 مركزًا لتدريب الإرهابيين تعمل في باكستان وباكستان كشمير المحتلة (PoK). تأسس حزب المجاهدين في عام 1989 ، وتم تصنيف الجناح العسكري لأكبر حزب سياسي إسلامي في باكستان على أنه منظمة إرهابية أجنبية (FTO) في عام 2017.
تشكلت حركة الجهاد الإسلامي عام 1980 ، وقاتلت هذه المجموعة ضد الجيش السوفيتي في أفغانستان في الثمانينيات ، ثم أعادت توجيه جهودها فيما بعد نحو الهند. في الوقت الحاضر ، تعمل HUJI في أفغانستان وباكستان وبنغلاديش والهند ، وتسعى إلى ضم كشمير إلى باكستان.
حركة المجاهدين ، منظمة إرهابية أجنبية أخرى (FTO) تعمل بشكل رئيسي من كشمير التي تحتلها باكستان ومن بعض المدن الباكستانية. كانت مسؤولة عن اختطاف عام 1999 لطائرة ركاب هندية ، مما أدى إلى إطلاق سراح مؤسس جيش محمد (JeM) ، مسعود أزهر من سجن هندي. أسس أزهر جيش محمد في عام 2000 بعد تبادل رهائن أطلق سراحه من سجن هندي مقابل 155 شخصًا محتجزين على متن طائرة مخطوفة. ربطت السلطات الباكستانية جيش محمد بمحاولة اغتيال الرئيس السابق برويز مشرف عام 2003 ، بالإضافة إلى اختطاف وقتل الصحفي الأمريكي دانيال بيرل في عام 2002.
Sipah-e-Sahaba باكستان ، هي جماعة مناهضة للشيعة تأسست في البنجاب الباكستانية في منتصف الثمانينيات. وهي تعمل بشكل رئيسي في المناطق القبلية الخاضعة للإدارة الفيدرالية السابقة (FATA) ، والبنجاب ، وبلوشستان ، وكراتشي.